Она была построена по приказу Николая Первого после польского восстания 1830 года. Главным архитектором церкви стал генерал-майор Иван Ден (1786—1859), получивший награды как за подавление мятежа, так и за строительство цитадели и реорганизацию системы снабжения русских войск в Варшаве. Ден, участвовавший в разработке проектов многих фортификационных сооружений на западе России (в том числе легендарной Брестской крепости) взял за основу проекта проект крепости Антверпена. Цитадель представляет собой кирпичную постройку в неоготическом стиле, окружающую площадь в 36 гектар. Строительство крепости было начато в мае 1832 года и закончилось 4 мая 1834 года.
С середины XIX века крепость стали использовать как тюрьму. Среди знаменитых ее заключенных был Феликс Дзержинский. Этот эпизод его биографии осветил в своем романе "Непримиримость" Юлиан Семенов:
По всей Польше началась новая волна повальных арестов, обысков и облав. В одну из таких и попал Дзержинский, борьбу против Азефа продолжал из камеры Варшавской цитадели.
Однако к началу Первой Мировой войны крепость устарела. В ходе военных действий Варшава вместе с оставшимися укреплениями была оставлена русскими войсками без боя после стратегического отступления летом 1915 года.
Во времена независимости Польши здесь располагалась небольшая военная часть. В 1940 году в крепости был обустроен штаб немецких войск. В период Варшавского восстания именно немецкий гарнизон крепости помешал повстанцам в центре города соединиться с повстанцами в северном районе Варшавы Жолибож.
После Второй мировой крепость снова некоторое время использовалась польской армией, а в 1963 году в крепости был открыт музей. Сегодня на территории музейного комплекса можно видеть несколько некрополей, мемориалов, старинные укрепления и виды вооружения, исторические экспозиции.
